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高等学校自主管理权是高等学校依据教育法的规定而享有的法定权利，实质上属于国家教育权的一部分.在性质上是一种公权力，不同于高等学校参与民事活动时所享有的民事权利。虽然法律在这里使用的是权利而不是权力，但这里的权利有些却具有权力(行政权)的性质.例如.《教育法》第三项的招生权、第四项的学籍管理和处分权(主要指其中的开除学籍权)、第五项的授予学业证书(包括毕业证和学位证)权等即具有行政权力的性质，是普通公民和一般社会组织所不能行使的公共权力。虽然，在我国目前情况下，某些事业单位、社会团体，都不具有行政机关资格，但法律赋予它们行使一定的行政管理权，学校在行使这些权力时，可以认为是法律授权的组织，可视为行政主体。这一点不仅被教育法学理论所支持，而且已有司法判决予以认可。
而纵观海外各国，特别是大陆法系国家的大学，其性质也已相当明确：如法国，明确将公立学校视为行政机关;德国也规定学校既是公共机构，同时也是国家机构。作为一种公权力，高等学校自主权与政府的公权力既有区别又有联系。联系在于两者皆是站在优越于相对方的地位，拥有运用强制力维护和分配公共利益的权力。区别在于一旦法律明确规定了高等学校的自主权，那么这些权力就与政府的公权力产生了分离，只要高等学校合法正当地行使，便不再受政府公权力的干预，政府只能在法定的范围内通过合法的手段进行监督。
值得强调的是，对学校而言，国家赋予的这一专项权力.既是国家授予的权利，又是国家交予的任务。因此，学校在办学自主权逐步扩大的形势下，在充分发挥主动性和创造性的同时，要特别重视权利与责任的统一，必须符合国家和社会的公共利益。必须贯彻国家的教育方针，遵守法律和国家主管机关规定的条件与程序，不得根据自己的主观意志滥用这种权利，也不得自行放弃和转让。
三、二者之间的关系
高校与学生的关系既是教育与被教育的关系，又是管理与悲观里的关系.这样就必然设计到管理者与被管理者之间的权利义务关系的设定，必然会构成高校与学生之间的法律关系。
1.一般权利义务关系
在行政权关系中，高校与学生的关系首先表示为一对权利义务关系。双方权利的实现都以对方义务的履行为前提。无论是高校或是高校大学生都有法定义务去维护对方的正当权利。
我国《教育法》第四十三条第四款规定了受教育者要遵守所在学校或者其他教育机构的管理制度;《高等教育法》第五十三条也规定：“高等学校的学生应当遵守法律法规，遵守学生行为规范和学校的各项管理制度。
同时。《教育法》第二十九条就规定了：“学校及其他教育机构应当履行下列义务。其中就包括了：维护受教育者的合法权益;尊重学生的受教育权。包括学籍权、学历学位证书权、上课权等;并以适当方式为受教育者了解受教育者的学业成绩及其他有关情况提供便利。
这样，高校与学生双方都应该在对对方义务的履行中达到一种权利的实质平衡。作为学生应该履行法定的义务，遵守学校规章制度，接受学校和教师的教育和管理;作为学生权利相对方的高校，则不能因为行使管理权而侵害学生的法定权利，而是应该在管理过程中培养民主、平等的氛围，视学生为一个有独立地位、有主体意识和需要的个体，尊重和维护他们的权利。
2.特殊权利义务关系
相对于其他法律关系而言。发生在高校内的行政权关系有其特殊性，因为行政权关系不是一种横向(平权)法律关系。而是属于纵向(隶属)法律关系。它表现为不平等的法律主体之间所建立的权力服从关系。其特点是：第一、法律主体处于不平等地位，该法律关系所具有的非对等性，表现为其权利义务关系的不对等。在实体行政关系中，法律承认行政权具有公定力.由高校优先实现一部分权利以保证高校管理的效率，而行政程序法律规范一般设定高校的义务.使学生的一部分权利优先实现.高校的一部分权利同时受到一定限制。这样行政领域不同性质的权利义务不对等的关系是倒置的倒置的不对等关系的存在，反映了法律的平衡精神，也保证了高校行政权关系中高校与学生权利义务的平衡;第二、法律主体之间的权利与义务具有强制性，既不能随意转让.也不能随意放弃。
从高等教育的目的上来说，高校的行政管理权与学生的权利在根本利益上是一致的.但是近年来诉讼案的频增说明两者之间存在着冲突。本文从法理上对这两种权利的内容和性质做出了界定，对二者之间的关系做出了分析。其实，法律至上要求的是对各种权利的一种合理配置，从而达到一种平衡、一种稳定。高校和大学生都应该加强法制意识和权利意识，在各自的法律权限范围内行事，遵守彼此之间的权利义务关系，这样我国的高等教育管理事业才能朝着良性的方向发展。
