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其一，行政申诉制度的法律性质不明确。学生申诉制度在法律性质上究竟属于行政裁决制度?或是属于行政复议制度?还是仅仅是一种非正式的法律救济制度?目前尚不清晰。这种情况导致学生申诉之后的救济渠道很不畅通，特别是对不涉及人身权、财产权的受教育权利的救济，尤其显得模糊。
其二，行政申诉的受理范围不明确。按照《规定》第六十条、六十三条的规定，学生无论是对学校作出的身份性惩戒还是非身份性惩戒，学生只要不服学校的申诉复查决定，都可以提起行政申诉。如此规定，极为不妥：第一，高校是享有一定自治权的组织，对学生实施的非身份性惩戒，应属学校的自治范畴，即使是对其享有行政指导权的上级教育行政部门亦不应当干涉;第二，尽管受理学生申诉是省级教育行政部门的法定职责，但省级教育行政部门的主要任务是领导、指导全省的教育工作，而如果将学校作出的学生非身份惩戒决定亦纳入行政申诉的范围，势必增加省级教育行政部门的工作量，从而影响其对全局工作的领导。
其三，行政申诉的处理规则不明确。《规定》第六十三条对省级教育行政部门如何处理申诉人的申诉，未作明确规定。按照教育部高校学生司组织编写的《(普通高等学校学生管理规定)解读》的解释，省级教育行政部门对申诉人的申诉，“可参照《国家教育考试违规处理办法》予以处理”。对于这种解释，笔者认为亦不妥当。《规定》和《办法》尽管都是教育行政规章，但毕竟二者调整的对象、适用的法律均有不同，如此解释，有草率、马虎之嫌，亦可能是最高教育行政机关遇到现实问题后一种无奈之举。
有鉴于此，完善行政申诉制度，一方面教育部要尽快制定《学生申诉办法》，就申诉主体、申诉受理范围、申诉委员会的组成人员、申诉处理规则、申诉复查决定的法律效力等重要问题作出统一规定，从法律层面上进一步完善学生申诉制度;另一方面要将学生申诉制度的运行过程纳入行政执法监督的范围，以确保学生申诉处理的公正性和权威性，提高这一制度的实际运行效果。
(二)行政复议制度
我国《行政复议法》将教育行政行为纳入了行政复议的受案范围并将保护公民的受教育权与人身权、财产权并列规定为行政机关的法定职责，但按《行政复议法》的规定，现行教育行政复议制度的被申请人只能是教育行政机关而不包括高等学校，其受理事项只限于教育行政机关作出的具体行政行为，而不涵盖高校对学生实施的管理行为。也就是说，在我国目前的法律语境下，学生不服学校作出的惩戒决定尚不能通过行政复议的方式获得救济。
因此，建立学生惩戒复议制度，还有许多工作要做，具体来说：一是要在理论上澄清惩戒复议与惩戒申诉是两种不同的救济制度，不能将二者混为一谈;二是要通过修改《行政复议法》、《教育法》等现行相关法律、法规，明确规定学生不服学校作出的身份性惩戒和非身份性的学术惩戒(如留、降级)，可以学校作为被申请人提起行政复议;三是明确惩戒复议机关;四是为了切实保障受惩戒学生的合法权益，有必要在明确学校与主管教育行政机关的法律关系的同时，进一步加强对教育行政复议工作的监督，以促进教育行政复议活动的健康进行。
(三)行政诉讼制度
行政诉讼是指行政相对人与行政主体在行政法律关系领域发生纠纷后，依法向人民法院提起诉讼，人民法院依法定程序审查行政主体的行政行为的合法性，并判断相对人的主张是否妥当，以作出裁判的一种活动。作为一种诉讼制度，行政诉讼兼具对具体行政行为进行司法审查和对行政相对人进行救济的双重功效。人们一般认为，它是保护自己权利的最好的、最主要的救济途径，亦是实现行政法治的最后闸门。
与前述行政复议制度一样，按照我国《行政诉讼法》的规定，行政诉讼的受案事项也不包括高校对学生实施的惩戒行为，学生对学校作出的惩戒决定尚难以通过司法途径获得救济。因此，构建高校受惩戒学生的诉讼救济制度，必须对现行相关法律、法律进行修改，明确规定学生对学校实施的身份性惩戒行为不服可以提起行政诉讼。此外，在我们强调要为受惩戒学生提供司法救济的必要性的同时，也应当肯定司法的介入是有限的、合理的。一方面，司法审查应是程序性审查，即只审查高校的惩戒行为是否遵循了正当程序原则，而不涉及实质性的教学与学术问题;另一方面，高校享有广泛的自治权，当高校对学生实施的惩戒行为没有影响到学生的在学关系时，尚属大学自治的范畴，此时司法审查不宜介入;其三，正因为高校享有广泛的自治权，而且高校的管理行为具有很强的专业性、学术性，学生即使是对高校实施的身份性惩戒行为不服，也必须是在穷尽了行政内救济途径后才能提起行政诉讼。
